Triển khai dự án ERP được tiến hành ở tất cả các bộ phận và phòng ban của doanh nghiệp. Hệ thống ERP làm thay đổi cách thức tương tác cũng như quy trình vận hành, hoạt động giữa các bộ phận với nhau. Vì vậy để dự án triển khai ERP thành công và đưa vào vận hành, khai thác hiệu quả là thách thức của rất nhiều doanh nghiệp.